2018年6月18日，北京大學(xué)第三醫(yī)院?jiǎn)探茉菏垦芯繄F(tuán)隊(duì)和北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院湯富酬研究員研究團(tuán)隊(duì)合作，在《自然細(xì)胞生物學(xué)》（Nature Cell Biology，IF=20.06)雜志在線發(fā)表人類(lèi)植入前胚胎多組學(xué)研究新進(jìn)展——“人類(lèi)早期胚胎的單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序”（Single-cell Multi-omics Sequencing of Human Early Embryos）。該研究利用國(guó)際領(lǐng)先的單細(xì)胞COOL-seq技術(shù)，首次在單細(xì)胞水平繪制了人類(lèi)植入前胚胎發(fā)育過(guò)程中的全基因組DNA甲基化和染色質(zhì)狀態(tài)圖譜，進(jìn)一步解析了胚胎發(fā)育階段復(fù)雜而協(xié)調(diào)的表觀遺傳重編程過(guò)程。

北醫(yī)三院?jiǎn)探軋F(tuán)隊(duì)與北京大學(xué)湯富酬團(tuán)隊(duì)長(zhǎng)期密切合作，致力于揭示人類(lèi)發(fā)育過(guò)程中基因表達(dá)與表觀遺傳學(xué)調(diào)控機(jī)制，繪制了完整的人類(lèi)著床前胚胎的高精度單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜(Nature Structural & Molecular Biology， 2013)，對(duì)人類(lèi)早期胚胎及原始生殖細(xì)胞發(fā)育過(guò)程中DNA甲基化組重編程進(jìn)行了系統(tǒng)研究（Nature，2014；Cell，2015），為深入理解人類(lèi)胚胎發(fā)育及配子發(fā)生過(guò)程中的分子機(jī)制提供了重要依據(jù)。2018年1月，合作團(tuán)隊(duì)對(duì)人類(lèi)植入前胚胎發(fā)育過(guò)程進(jìn)行了更加深入的分析，揭示了人類(lèi)早期胚胎DNA去甲基化和從頭加甲基化的動(dòng)態(tài)變化及父母源基因組差異甲基化等關(guān)鍵特征(Nature Genetics， 2018)。

本研究旨在進(jìn)一步揭示染色質(zhì)狀態(tài)在DNA甲基化重編程過(guò)程中的動(dòng)態(tài)重構(gòu)過(guò)程、親本特異的染色質(zhì)狀態(tài)以及多組學(xué)之間的關(guān)系。通過(guò)運(yùn)用單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)（single-cell COOL-seq），區(qū)分出整倍體和非整倍體細(xì)胞，利用整倍體胚胎的單細(xì)胞數(shù)據(jù)，系統(tǒng)描繪了人類(lèi)植入前胚胎發(fā)育過(guò)程中多個(gè)關(guān)鍵階段表觀基因組多個(gè)層面的動(dòng)態(tài)變化。

該項(xiàng)研究的主要發(fā)現(xiàn)包括以下幾方面：

（1）在受精后19小時(shí)內(nèi)，來(lái)自精子的父源基因組和來(lái)自卵母細(xì)胞的母源基因組都進(jìn)行了大規(guī)模的染色質(zhì)重構(gòu)，父源基因組染色質(zhì)被迅速打開(kāi)，而母源基因組染色質(zhì)的開(kāi)放程度降低。隨后染色質(zhì)開(kāi)放程度同時(shí)回落，到8-細(xì)胞期胚胎合子基因組激活后再次增加，桑椹胚時(shí)期達(dá)到最高點(diǎn)（圖1）。與小鼠相似，人類(lèi)胚胎中近端染色質(zhì)開(kāi)放區(qū)域具有強(qiáng)烈的發(fā)育階段特異性，更重要的是近端染色質(zhì)開(kāi)放區(qū)域在合子基因激活時(shí)期，即4-細(xì)胞到8-細(xì)胞時(shí)期，發(fā)生了最劇烈的染色質(zhì)重構(gòu)過(guò)程。

（2）研究發(fā)現(xiàn)，與小鼠不同，人類(lèi)卵母細(xì)胞受精后，父源基因組的染色質(zhì)迅速開(kāi)放，開(kāi)放程度迅速超過(guò)母源基因組，這種開(kāi)放程度的不對(duì)稱狀態(tài)一直持續(xù)到4-細(xì)胞階段（圖2）。這可能更有利于DNA去甲基化酶在父源基因組上的結(jié)合，從而加速父源基因組的去甲基化進(jìn)程以及其它表觀遺傳學(xué)重編程進(jìn)程。而小鼠胚胎在受精后每個(gè)胚胎細(xì)胞中父源與母源基因組染色質(zhì)的開(kāi)放程度相似，并且一直維持這種對(duì)稱狀態(tài)。

（3）該研究實(shí)現(xiàn)了對(duì)人類(lèi)與小鼠著床前胚胎父母源基因組染色質(zhì)開(kāi)放程度的系統(tǒng)定量比較（圖3）。與小鼠胚胎相比，人類(lèi)著床前胚胎具有更開(kāi)放松散的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，而這一松散的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)有可能更容易出現(xiàn)基因組不穩(wěn)定性，進(jìn)而導(dǎo)致人類(lèi)著床前胚胎發(fā)育阻滯比例較高、囊胚率低于小鼠（人類(lèi)胚胎的囊胚發(fā)育率只有40-60%，而小鼠胚胎的囊胚發(fā)育率高達(dá)95%以上）。人類(lèi)和小鼠染色質(zhì)狀態(tài)重構(gòu)模式的差異剛好與這兩個(gè)物種合子基因激活時(shí)間的差異吻合。

（4）每個(gè)雌性細(xì)胞中有兩條X染色體，其中一條來(lái)自精子（父源X染色體），另外一條來(lái)自卵細(xì)胞（母源X染色體）。本研究發(fā)現(xiàn)在人類(lèi)女性胚胎中，受精后父源X染色體迅速去甲基化并激活，到2-細(xì)胞期遠(yuǎn)低于母源X染色體的DNA甲基化水平，之后維持這一不平衡狀態(tài)。同時(shí)，從受精卵到4-細(xì)胞期，父源X染色體的染色質(zhì)狀態(tài)比母源的更開(kāi)放（圖4）。

（5）研究首次發(fā)現(xiàn)，在人類(lèi)胚胎植入前發(fā)育時(shí)期，DNA去甲基化和染色質(zhì)重構(gòu)在不同的基因組元件是不同步的。受精后表現(xiàn)出高度DNA甲基化異質(zhì)性的基因，和表現(xiàn)出高度染色質(zhì)狀態(tài)異質(zhì)性的基因是不同的兩類(lèi)。

（6）利用轉(zhuǎn)錄抑制試驗(yàn)，研究發(fā)現(xiàn)持續(xù)轉(zhuǎn)錄作為反饋機(jī)制，對(duì)于大量基因維持其啟動(dòng)子區(qū)域染色質(zhì)持續(xù)處于開(kāi)放狀態(tài)具有重要作用。與對(duì)照組相比，經(jīng)轉(zhuǎn)錄抑制的受精卵在8-細(xì)胞期有1700多個(gè)（35%）基因失去啟動(dòng)子區(qū)的染色質(zhì)開(kāi)放狀態(tài)。

（7）該研究結(jié)合染色質(zhì)開(kāi)放程度和DNA甲基化信息，進(jìn)行了人類(lèi)和小鼠的候選增強(qiáng)子預(yù)測(cè)，得到人類(lèi)著床前胚胎的37000多個(gè)候選增強(qiáng)子區(qū)域。發(fā)現(xiàn)對(duì)于人類(lèi)和小鼠著床前胚胎中的染色質(zhì)處于開(kāi)放狀態(tài)的候選增強(qiáng)子，只有700多個(gè)是在這兩個(gè)物種中同時(shí)處于染色質(zhì)開(kāi)放狀態(tài)，說(shuō)明在著床前胚胎發(fā)育過(guò)程中處于活躍狀態(tài)的增強(qiáng)子具有很強(qiáng)的物種特異性。與此同時(shí)，該研究對(duì)人類(lèi)著床前胚胎中鑒定出的接近40萬(wàn)個(gè)染色質(zhì)開(kāi)放區(qū)域（NDR）進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合富集分析，發(fā)現(xiàn)相對(duì)于滋養(yǎng)外胚層細(xì)胞，多能性的內(nèi)細(xì)胞團(tuán)中的遠(yuǎn)端（距離基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)2kb以外）染色質(zhì)開(kāi)放區(qū)域更富集轉(zhuǎn)錄因子ZNF281的結(jié)合序列；而相對(duì)于內(nèi)細(xì)胞團(tuán)，滋養(yǎng)外胚層細(xì)胞中的遠(yuǎn)端染色質(zhì)開(kāi)放區(qū)域更富集轉(zhuǎn)錄因子CDX2、TFAP2C（AP2γ）的結(jié)合序列，這為今后研究人類(lèi)著床前胚胎發(fā)育過(guò)程中轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控下游基因表達(dá)奠定了基礎(chǔ)。

本研究利用單細(xì)胞多組學(xué)高通量測(cè)序技術(shù)，系統(tǒng)分析了整倍體人類(lèi)植入前胚胎的DNA甲基化重編程及伴隨的染色質(zhì)狀態(tài)重構(gòu)，加深了對(duì)人類(lèi)胚胎表觀遺傳重編程過(guò)程的理解。研究首次揭示了人類(lèi)早期胚胎發(fā)育過(guò)程中，父母源基因組的DNA甲基化與染色質(zhì)狀態(tài)的不對(duì)稱分布。另外，研究定量比較了人類(lèi)和小鼠胚胎的染色質(zhì)狀態(tài)，發(fā)現(xiàn)物種保守性及特異性的表觀遺傳學(xué)特征。這為今后人們繼續(xù)研究人鼠兩個(gè)物種早期胚胎中表觀遺傳學(xué)的異同奠定了理論基礎(chǔ)，明確了利用小鼠作為模式生物研究哺乳動(dòng)物早期發(fā)育的優(yōu)勢(shì)和局限性。本研究為探究臨床上胚胎發(fā)育阻滯、著床失敗、反復(fù)流產(chǎn)等問(wèn)題的發(fā)生機(jī)制及診治策略提供了新的思路和研究方法。

北京大學(xué)第三醫(yī)院博士生任一昕、北京大學(xué)北京未來(lái)基因診斷高精尖創(chuàng)新中心博士生李琳和高云，以及四川大學(xué)郭帆研究員為該論文的并列第一作者；北醫(yī)三院?jiǎn)探芎捅本┐髮W(xué)生命學(xué)院湯富酬為該論文的共同通訊作者。該項(xiàng)研究得到了國(guó)家自然科學(xué)基金、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、北京市科學(xué)技術(shù)委員會(huì)、北京未來(lái)基因診斷高精尖創(chuàng)新中心、北大-清華生命科學(xué)聯(lián)合中心（CLS）等的資助。(生物谷世聯(lián)博研Bioexcellence）